Singularity4 - Revision history

Mauferrari: /* Singularity CE 4.x (Community Edition) */

2025-06-08T15:23:09Z

‎Singularity CE 4.x (Community Edition)

Mauferrari: /* Definition Files */

2024-11-13T18:39:37Z

‎Definition Files

Mauferrari: /* Definition Files */

2024-10-25T20:45:54Z

‎Definition Files

Mauferrari: /* opção --nv:Uso de GPU dentro do container */

2024-09-25T18:40:10Z

‎opção --nv:Uso de GPU dentro do container

Mauferrari: /* 7) Montar /draft-xxx/usuario dentro container para salvar resultados (opção --bind ) */

2024-09-25T18:39:34Z

‎7) Montar /draft-xxx/usuario dentro container para salvar resultados (opção --bind )

Mauferrari: /* opção --nv:Uso de GPU dentro do container */

2024-09-25T18:38:23Z

‎opção --nv:Uso de GPU dentro do container

Mauferrari: /* opção --bind:Montando pastas da máquina host para acessar dentro da máquina container */

2024-09-25T18:38:07Z

‎opção --bind:Montando pastas da máquina host para acessar dentro da máquina container

Mauferrari: /* 7) Montar /draft-xxx/usuario dentro container para salvar resultados (opção --bind ) */

2024-09-25T18:37:46Z

‎7) Montar /draft-xxx/usuario dentro container para salvar resultados (opção --bind )

Mauferrari: /* Passo a Passo: Uso do Singularity CE v4.1.x */

2024-09-25T18:36:55Z

‎Passo a Passo: Uso do Singularity CE v4.1.x

Mauferrari: /* 2) Solicitar a criação da sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou draft-xxx) */

2024-09-25T18:36:00Z

‎2) Solicitar a criação da sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou draft-xxx)

@@ Line 13: / Line 13: @@
 ** '''Exemplos de ''Definition Files'' ''': https://github.com/sylabs/examples
 ** '''Singularity ''Definition Files'' vs. ''Docker file'' ''': https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/singularity_and_docker.html#sec-deffile-vs-dockerfile
 <br>
 <br>

@@ Line 70: / Line 70: @@
      conda config --file $CONDA_ROOT/.condarc --set show_channel_urls True
-	# Install conda bash completion
+    # Install conda bash completion
      # https://github.com/tartansandal/conda-bash-completion
      conda install --yes --name base --channel conda-forge conda-bash-completion
@@ Line 85: / Line 85: @@
-	# Criar un novo enviroment com pacotes desejados do pytorch
+    # Criar un novo enviroment com pacotes desejados do pytorch
-	# https://pytorch.org/get-started/locally/
+    # https://pytorch.org/get-started/locally/
-	# Opções: pytorch stable 2.4.0, linux, conda, cuda 12.1
+    # Opções: pytorch stable 2.4.0, linux, conda, cuda 12.1
-	conda create --name env-torch pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=12.1 -c pytorch -c nvidia
+    conda create --name env-torch pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=12.1 -c pytorch -c nvidia

@@ Line 14: / Line 14: @@
 ** '''Singularity ''Definition Files'' vs. ''Docker file'' ''': https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/singularity_and_docker.html#sec-deffile-vs-dockerfile
 <br>
 == <span style="color: red;">IMPORTANTE</span>: Diferença entre os 2 formatos suportados pelo <code>singularity build</code>: ==

@@ Line 394: / Line 394: @@
 * Executar a máquina container no shell e montar o caminho /draft-xxx/fulano da máquina host dentro da máquina container
-<code>singularity shell --nv my_cuda_container/</code>
+<code>singularity shell --nv --bind /draft-xxx/fulano:/mnt my_cuda_container/</code>
 <br><br>

@@ Line 229: / Line 229: @@
 Também é possível combinar as opções do --bind com --writable --no-home --fakeroot, neste caso, para fazer modificações na imagem e acessar a pasta de montagem:
-     singularity shell --writable --fakeroot --no-home --bind /draft-xxxfulano:/mnt my_container/
+     singularity shell --writable --fakeroot --no-home --bind /draft-xxx/fulano:/mnt my_container/
 * link sobre a opção <code>[https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/quick_start.html#working-with-files '''--bind''']</code>

@@ Line 348: / Line 348: @@
 A pasta do home do usuário é montada automaticamente pelo singularity dentro da máquina container ([https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/bind_paths_and_mounts.html#system-defined-bind-paths algumas outras também ] ), mas se for necessário acessar outra pasta no disco da máquina host, deve-se usar a opção <code>[https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/bind_paths_and_mounts.html#user-defined-bind-paths --bind]</code> para indicar o caminho (path) a ser usado. O usuário precisa ter permissão de leitura e escrita na pasta da máquina host.
-* Executar a máquina container no shell e montar o caminho /homeLocal/fulano da máquina host dentro da máquina container
+* Executar a máquina container no shell e montar o caminho /draft-xxx/fulano da máquina host dentro da máquina container
-<code>singularity shell --bind /homeLocal/fulano:/mnt my_container/</code>
+<code>singularity shell --bind /draft-xxx/fulano:/mnt my_container/</code>
 <br><br>

@@ Line 219: / Line 219: @@
 <br><br>
-==== 7) Montar /homeLocal/usuario dentro container para salvar resultados (opção <code> --bind </code>) ====
+==== 7) Montar /draft-xxx/usuario dentro container para salvar resultados (opção <code> --bind </code>) ====
 O comportamento padrão do SingularityCE é montar as pastas /home/$USER, /tmp, and $PWD da máquina host dentro do container ([https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/bind_paths_and_mounts.html#system-defined-bind-paths algumas outras pastas também] ). A montagem automática da pasta /home/$USER foi desabilitada na rede VeRLab/JLab.
@@ Line 225: / Line 225: @@
      singularity shell --bind [/absolute/path/host/]:[/absolute/path/inside/container]
-O caminho de montagem dentro do container é opcional e se for omitido, é usado o mesmo caminho do host, porém o usuário deve ter permissão para acessar a pasta de montagem. No exemplo mostra como deixar o path /homeLocal/fulano acessível  dentro do container em /mnt:
+O caminho de montagem dentro do container é opcional e se for omitido, é usado o mesmo caminho do host, porém o usuário deve ter permissão para acessar a pasta de montagem. No exemplo mostra como deixar o path /draft-xxx/fulano acessível  dentro do container em /mnt:
-     singularity shell --bind /homeLocal/fulano:/mnt my_container/
+     singularity shell --bind /draft-xxx/fulano:/mnt my_container/
 Também é possível combinar as opções do --bind com --writable --no-home --fakeroot, neste caso, para fazer modificações na imagem e acessar a pasta de montagem:
-     singularity shell --writable --fakeroot --no-home --bind /homeLocal/fulano:/mnt my_container/
+     singularity shell --writable --fakeroot --no-home --bind /draft-xxxfulano:/mnt my_container/
 * link sobre a opção <code>[https://docs.sylabs.io/guides/4.1/user-guide/quick_start.html#working-with-files '''--bind''']</code>

@@ Line 46: / Line 46: @@
 # Confirmar se a máquina tem singularity instalado e a versão
-# Solicitar sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou homeLocal)
+# Solicitar sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou /draft-xxx)
 # Escrever a "receita" (definition file) do seu container Singularity
 # Criar seu container Singularity no formato "pasta sandbox" usando seu definition file

@@ Line 59: / Line 59: @@
 <br><br>
-==== 2) Solicitar a criação da sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou homeLocal) ====
+==== 2) Solicitar a criação da sua pasta de trabalho com seu nome de usuário (storage ou /draft-xxx) ====
 Deve-se solicitar a um gestor da infraestrutura da rede VeRLab/JLab para criar uma pasta com seu nome de usuário e mudar o proprietário da pasta para seu usuário da rede do Verlab e o grupo DomainUsers (<code>gid=513</code>).
 Existem duas opções de locais para armazenar sua pasta de containers singularity:
 * No serviço de storage da rede, na pasta <code>/srv/forge/fulano/</code> ou
-* Localemente em alguma máquina, na pasta <code>/homeLocal/fulano</code>
+* Localemente em alguma máquina, na pasta <code>/draft-xxx/fulano</code>
 ===== 2a) Pasta no serviço de storage (<code>'''/srv/forge'''</code>): =====
@@ Line 75: / Line 75: @@
      cd /srv/forge/fulano
-===== 2b) Pasta no disco local de alguma máquina da rede <code>'''/homeLocal'''</code>): =====
+===== 2b) Pasta no disco local de alguma máquina da rede <code>'''/draft-xxx'''</code>): =====
-* As máquinas da rede com GPU costumam ter uma partição do disco separada para os usuários ocuparem com dados de experimentos e testes. Essa partição é montada na pasta  <code>'''/homeLocal'''</code>
+* As máquinas da rede com GPU costumam ter uma partição do disco separada para os usuários ocuparem com dados de experimentos e testes. Essa partição é montada na pasta  <code>'''/draft-xxx'''</code>
 * É importante que cada usuário limpe seus dados de experimentos e testes com frequência, pois não existe uma política de "quotas", assim todos contribuem para  para liberar espaço em disco para os demais usuários.
-     cd /homeLocal
+     cd /draft-xxx
      sudo mkdir fulano
      sudo chown -Rv fulano:513 fulano/
-     cd /homeLocal/fulano
+     cd /draft-xxx/fulano
 <br><br>